本輪食藥監改革旨在建立“最嚴格食品安全監管制度”，其中最引人關注的是機構設置和職能的變化。對此，國務院指導意見強調了方向和原則，具體方案設計上留給了地方政府一定的自主權。

　　目前已公布方案的省市區，省級層面改革模式基本與國家層面保持一致，即要求將分散在各部門的食藥監管職能和機構進行整合，組建新的食藥監管機構。但在省級以下層面，一些省份正在進行“大市場”改革探索。

　　天津寧夏改革力度或更大

　　有消息稱，目前尚未公布方案的天津和寧夏或嘗試更大力度的改革。此前有媒體報道稱，天津將對食藥監管體制進一步改革，天津市食藥監局、市質檢局和市工商局將“三合一”，組成天津市市場監管委員會，天津從省級層面到區、街道辦全部將“三局合一”。消息人士透露，目前，中編辦已基本通過了天津的這一改革方案。

　　2013年11月，浙江舟山將工商、食藥、質監合并，掛牌成立組建舟山市市場監督管理局。同年12月9日，浙江出臺了改革完善市縣食品藥品監管體制的意見，縣(市)統一將食藥、工商整合，組建市場監督管理局，劃入質監部門的食品安全監管職責。設區的市本級則有一定選擇權，可以將工商、質監部門的食品安全職責劃入食藥監，也可將食藥、工商職責整合，組建市場監督管理局，并劃入質監的食品安全監管職責。

　　浙江模式出現后，其他地方開始跟上。2014年1月1日，上海浦東新區的工商、質監、食藥監部門完成“三合一”整合，掛牌成立上海浦東新區市場監督管理局，同時取消了原來工商、質監、食藥監部門的市級垂直管理，改為屬地管理。安徽則在市級組建新的食藥局，縣級以下整合工商、質監、食藥部門“三合一”，組建市場監督管理局。

　　這一輪改革中，2009年已開始探索“大部制”的深圳，做法也有所不同。今年5月14日，深圳市場和質量監督管理委員會正式掛牌成立，下設正局級行政機構深圳市市場監督管理局(掛市質量管理局、市知識產權局牌子)、深圳市食品藥品監督管理局，副局級行政機構深圳市市場監督稽查局。

　　如此整合后，市場監管職能將涵蓋工商、質監、知識產權、食藥品監管等4大塊共20多個類別。深圳市委書記王榮曾表示，這次將食品藥品監管納入到深圳市的大市場監管架構之中，是打造市場監管領域大部制改革的“升級版本”。

　　無論哪種方式都會有陣痛

　　“現在省以下的改革模式"五花八門"”，胡穎廉形容，實際上國務院要求建立統一的監管體系，但各省有很大的自主權。對于“三合一”的模式，胡穎廉認為存在一定的合理性，一是在基層的派出機構，涉及人、資源及辦公場所，借助工商所原來延伸到鄉鎮的力量，能較為順利地設立起來。

　　國家食藥監總局的一名內部人士對南都記者坦言，“三合一”的做法，可以發揮各自的優勢，比如工商的隊伍體系比較完整，體系已經基本延伸到基層。質監部門則在檢驗檢測體系上有明顯的優勢，“說白了，在不增加編制的情況下，地方在落實中央改革過程中，"三合一"可以說是一種妥協，也可以說是結合本地情況作出的制度安排。”

　　就現階段而言，“三合一”有助于基層迅速開展相關工作。“先有了人，把工作干起來，可能是最立竿見影的做法。”這名官員表示，但“三合一”長遠監管效果還有待觀察，“不論哪種方式都會有陣痛”。

　　據分析，“三合一”整合將會涉及工商、質監、食藥在不同體制下的監管習慣和監管文化的融合，同時在提高監管專業性上的培訓也要下大功夫。但如果單獨在基層組建食藥機構，則面臨著組建緩慢的問題，“現有編制之下，要拿出大量編制充實基層，對地方來講困難也不小”。

　　胡穎廉表示，從長遠看統一市場監管是必須的，但從目前看，一步到位也不靠譜。由于食藥監管的特殊性，既涉及監管執法又涉及技術監管，工商雖然人手最多，但專業性上卻最弱。本次機構改革希望用管藥品的方法管食品，但“三合一”是否有利于實現這個目標，仍然未知。